Фундаментальные исследования проводятся в рамках совместных научных проектов, в которых принимали участие студенты и преподаватели кафедр химического профиля БашГУ, УГНТУ и научные сотрудники лабораторий ИОХ УНЦ РАН.
В 2006 г. в БашГУ были продолжены совместные научные исследования в области био- и органического синтеза в соответствии с техническим заданием и календарным планом по 3-м направлениям:
- "Изучение свойств биологически активных соединений и лекарственных препаратов";
- "Разработка полимерных материалов для медицинского применения на основе биополимера - хитозана и олигомеров поливинилового спирта".
- "Разработка методов направленного синтеза практически важных веществ".